不过，并不是所有人都认可基本药物全部免费。王宏志表示：“从国际上看，一些发达国家的药物政策往往通过医疗保险筹资，药品由医保按比例报销，患者要自付一定比例的药费，但针对特殊人群则可能免除患者自付部分从而免费获得药品。”
王宏志认为，实行全部或部分基本药物免费的必要性不大。一方面，近几年新农合的筹资水平有了几次提高，现有新农合的筹资水平保证小病用药是没问题的，有保险机构的监督，浪费的可能性会降低；另一方面，目前医保体系日趋完善，“三保合一”也将最终实现，在此背景下如果再建立独立的免费药物供应体系，行政成本是不划算的。
对我国的情况，王宏志建议：“可以考虑结合大病医疗保险，针对低收入群体、残障人士、老龄人口等建立长期用药全额报销制度，当患者年度用药达到一定金额后，免除患者自付部分。长期用药全额报销能够保证大病得到及时救治，减少因病致贫出现的几率。”
对于目录高度重合、低价药冲击基本药物的问题，卫计委内部人士表示：“低价药和基本药物不是一个概念，基本药物覆盖的依然是医保甲类目录的药品，由于我国医疗保障层次不同，基层的患者支付能力差，基本药物目录主要是为了解决他们能够获得可支付的药品。”
不过，目前筹资水平有限，农村地区居民基本药物实际报销比例并不高，又因农村人口大量异地就业居住，而新农合尚无法实现异地结算，基本药物有限的“福利”也被大打折扣。
为了弥合目前基本药物的可及性和公平性问题，国家卫计委对于基本药物“往上走”的态度很坚决，未来药品招标政策有可能改变现有的按照医疗机构等级和层次招标的方式。
由于各省要建立“公立医院采购目录”，全部纳入采购目录的基本药物只要经过一次招标就可以进入所有医疗机构，通过加强对各级医疗机构提高基本药物使用比例的要求，建立更为广大的基本药物市场。这样的措施有望缓解低价基本药物出现短缺的尴尬现象。
